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本發(fā)明公開了一種桑樹品種親緣關(guān)系DNA分子評鑒方法，包括以下步驟：（1）桑樹品種的系統(tǒng)發(fā)育分析；1）取材；2）篩選對比序列；3）桑樹基因組DNA提取及純度、濃度檢測；4）PCR擴(kuò)增；5）PCR檢測；6）PCR測序；7）序列拼接、對比，鑒定進(jìn)化關(guān)系；（2）桑樹品種親緣關(guān)系分析。本發(fā)明先進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育分析，且從世界范圍內(nèi)分布桑種及變種合理取材，再進(jìn)行桑樹品種居群遺傳多樣性分析，進(jìn)一步確定親緣關(guān)系，通過兩步驟分析方法的使用，顯著提高了評鑒親緣關(guān)系的準(zhǔn)確性和可重復(fù)性，為保護(hù)桑樹品種資源，進(jìn)行桑樹品種指紋鑒別，分子輔助育種、品種資源開發(fā)及利用有重大推動作用。